Plusieurs édifices religieux se sont succédés à l'emplacement de l'église Saint-Bénigne. Il ne reste d'eux que le portail, qui date du XVème siècle.
L'édifice actuel est quant à lui une église construite au XVIIème siècle, et qui a subit de nombreuses modifications depuis. Elle reste toutefois dans la tradition franc-comtoise, avec son clocher-porche couvert d'un toit à l'impériale.